روش‌های بارکدگذاری DNA در تعیین رژیم غذایی مهره داران، چالش‌ها و محدودیت‌ها

نوع مقاله : مروری

نویسندگان

1 گروهدمحیط زیست، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه تهران

2 گروه محیط زیست، دانشکده شیلات و محیط زیست، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان

3 دانشگاه شهید بهشتی

چکیده

برای تعیین رژیم غذایی در مهره ­داران روش­های گسترده ­ای پیشنهاد شده است. بارکد­گذاری DNA- استفاده از ناحیه استاندارد شده DNA برای شناسایی تاکسون- اخیراً مورد توجه زیادی قرار گرفته است و در زمینه بین­‌المللی توسعه پیدا کرده است. بارکد­گذاری DNA این امکان را به وجود می­آورد تا بتوان رژیم غذایی یک فرد را از روی مدفوع یا محتویات معده آن تعیین کرد. در حال حاضر تکنیک توالی ­یابی نسل بعد مناسب ­ترین تکنیک توالی ­یابی  DNAگونه­ های طعمه و طعمه­ خوار هدف می ­باشد. البته تجزیه و تحلیل­‌های مولکولی سرگین­‌ها نیز با کاستی­ هایی روبرو می ­باشد. به طوری ­که DNA مدفوع می­ تواند دارای کمیت و کیفیت پایینی باشد، و تخریب نمونه مدفوع نیز می­ تواند مشکلی در مطالعه رژیم غذایی با استفاده از این رویکرد باشد. با وجود محدودیت ­های موجود تکنیک­‌های مولکولی رویکرد جایگزینی را برای مطالعه رژیم غذایی جانوران فراهم کرده است. از این رو رویکرد­های مبتنی بر DNA شاید مناسب­ ترین راه برای بررسی محدوده و تنوع طعمه گرفته شده توسط طعمه­ خواران عمومی ­باشد. شناسایی ژنتیکی از سرگین ­ها می­ تواند تجزیه و تحلیل­ های صحیح از رژیم غذایی، حل مشکلات مهره ­داران نزدیک احشام و زیستگاه ­های انسانی، و کمک به طراحی پناهگاه ­های حیات ­وحش و کریدور­های حیات­ وحش را فراهم نماید.

چکیده تصویری

روش‌های بارکدگذاری DNA در تعیین رژیم غذایی مهره داران، چالش‌ها و محدودیت‌ها

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

DNA barcoding methods for determination of vertebrate diet, challenges and constraints

نویسندگان [English]

  • Sayyad Sheykhi Ilanloo 1
  • Hamidreza Rezaie 2
  • Saleh Mahmoudi 3
1 Environment, nutural resurse faculty, university of Tehran
2 Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources
3 Shahid Beheshti University

برای تعیین رژیم غذایی در مهره­داران روش­های گسترده­ای پیشنهاد شده است. بارکد­گذاری DNA- استفاده از ناحیه استاندارد شده DNA برای شناسایی تاکسون- اخیراً مورد توجه زیادی قرار گرفته است و در زمینه بین­‌المللی توسعه پیدا کرده است. بارکد­گذاری DNA این امکان را به وجود می­آورد تا بتوان رژیم غذایی یک فرد را از روی مدفوع یا محتویات معده آن تعیین کرد. در حال حاضر تکنیک توالی­یابی نسل بعد مناسب­ترین تکنیک توالی­یابی  DNAگونه­های طعمه و طعمه­خوار هدف می­باشد. البته تجزیه و تحلیل­‌های مولکولی سرگین­‌ها نیز با کاستی­هایی روبرو می­باشد. به طوری­که DNA مدفوع می­تواند دارای کمیت و کیفیت پایینی باشد، و تخریب نمونه مدفوع نیز می­تواند مشکلی در مطالعه رژیم غذایی با استفاده از این رویکرد باشد. با وجود محدودیت­های موجود تکنیک­‌های مولکولی رویکرد جایگزینی را برای مطالعه رژیم غذایی جانوران فراهم کرده است. از این رو رویکرد­های مبتنی بر DNA شاید مناسب­ترین راه برای بررسی محدوده و تنوع طعمه گرفته شده توسط طعمه­خواران عمومی ­باشد. شناسایی ژنتیکی از سرگین­ها می­تواند تجزیه و تحلیل­های صحیح از رژیم غذایی، حل مشکلات مهره­داران نزدیک احشام و زیستگاه­های انسانی، و کمک به طراحی پناهگاه­های حیات­وحش و کریدور­های حیات­وحش را فراهم نماید.