کنترل، نظارت و پیش بینی تغییرات پارامترهای کیفی در اعمال مدیریت کیفیت رودخانه­ ها، با توجه به ورود منابع آلاینده متعدد همچون زهاب های کشاورزی اجتناب ناپذیر می باشد. با افزایش اطلاعات در مورد اهمیت کیفیت آب آشامیدنی برای بهداشت عمومی وکیفیت آب خام برای زندگی آبزیان، نیاز به ارزیابی کیفیت آبهای سطحی افزایش می­ یابد. با فرض آنکه مکانیسم ­های طبیعی نظیر خصوصیات  فیزیکی و شیمیایی آب و خود پالایی رودخانه­ ها سهم عمده در کنترل و یا تشدید این غلظت ­ها خواهند داشت، اولین قدم در تعیین کیفیت آب رودخانه ­ها، کسب آگاهی از تغییرات کیفی آب رودخانه­ ها در ابعاد زمان و مکان و همچنین مشخص نمودن منابع اصلی و انواع آلوده کننده­ های آب می­ باشند. در این مطالعه با استفاده از ایستگاه های نمونه برداری تعیین شده برای بررسی کیفیت آب رودخانه ارس پرداخته شده است. نتایج تحقیق نشان می ­دهد که فاکتور کدورت در اکثر نوبت‌های نمونه‌برداری جز در نوبت‌های اول و دوم در طول رودخانه بالا بوده بطوری که میزان این فاکتور در دوره‌های مذکور بیش از حد استاندارد جهت مصارف کشاورزی به دست آمد. نتایج حاصل از اندازه‌گیری در محل فاکتور pH نشان می‌دهد که میزان این فاکتور در ایستگاه‌های مختلف بر روی رودخانه ارس از وضعیت خوبی برخوردار بوده و تغییرات آن در بازه 65/6 تا 45/8 در دوره‌های مختلف در نوسان می‌باشد. همچنین نتایج نشان داد که میزان اکسیژن محلول (DO)، هدایت الکتریکی (EC) و دمای آب در دوره‌های مختلف نمونه‌برداری مناسب بوده است.